•Siete años después Son Gohan tiene ya 16 años y asiste a la Preparatoria Estrella Naranja en Ciudad Satán para campeones. Como no puede soportar el crimen en las calles, se enfrenta a los delincuentes de la ciudad como Super Saiyan y la gente le empieza a llamar El Justiciero Volador (Guerrero Dorado). Pero por la ropa algunos empiezan a sospechar que es uno de los estudiantes del colegio, así que Bulma le diseña un traje para que no  le reconozcan y se hace llamar Gran Saiyaman. Aunque sus presentaciones eran ridículas, la gente de la ciudad lo admiraba por su gran fuerza, pasó por algunos problemas hasta llegaron a pensar que era un ladrón, porque en algún momento deseó huir con un dinosaurio (aunque lo iba a salvar ya que iba a ser maltratado), pero pudo demostrar su inocencia con grandes consecuencias, al final la hija de Mr. Satán, Videl, lo descubre y Gohan no tiene más remedio que hacer lo que ella le diga; es obligado a participar en un Torneo de las Artes Marciales y además a enseñar a volar a Videl, ya que a ella le parecía imposible que los humanos puedan volar. Gohan pronto descubre que su hermano menor se puede transformar en Super Saiyan y que este a sido entrenado por Chi-Chi para que sea un digno hijo de Goku, Videl llega a la casa de Gohan y este le enseña a controlar y a expulsar su Ki y pronto aprende a volar. Cuando Gohan va a casa de Bulma a pedirle algo que sustituya al casco del disfraz, Vegeta le dice que él también participará. De repente, Goku habla desde el otro mundo y dice que él también participará con ellos, gracias a un permiso de 1 día que le dan para volver a La Tierra. Poco a poco se lo van contando a los demás, que están muy cambiados (por ejemplo, Krilin tiene cabello, está casado y tiene una hija con la Androide Número 18, y todos deciden participar excepto Yamcha, que no quiere quedar en ridículo al estar por debajo de los demás, y Tenshinhan y Chaoz que nadie sabe dónde están. También el pequeño Trunks, y el nuevo hermanito de Gohan, llamado Goten (nacido 7 años tras las batallas con Cell), participarán, así que todos se ponen a entrenar para el día del Torneo. Cuando llega el día del Torneo todos se reúnen y Goku con gran alegría conoce a su segundo hijo. Goten y Trunks son obligados a participar en el campeonato infantil. Tras las eliminatorias de los adultos (que ahora se hacen mediante una prueba de fuerza y no por combates), empieza el campeonato infantil. Trunks y Goten llegan a la final sin problemas, dejando a todos sorprendidos porque son más jóvenes que el resto de los muchachos. Ambos son protagonistas de un espectacular combate, mientras que Satán al ver a Goten, reconoce en él a Goku, y le aterroriza la idea de luchar contra uno de ellos, ya que el vencedor tiene que luchar con Satán, en un combate de exhibición. Finalmente, Trunks gana a Goten y luego espera el combate con Satán. Este por su parte se deja vencer sin luchar, para que la gente crea que tiene un buen corazón y ha querido ilusionar al niño, así salva su reputación. Luego se hace el sorteo para los adultos. Goku, conoce a dos extraños personajes. El primer combate enfrenta a Krilin con Punta, Punta se burlaba de Krilin por su estatura y de un solo puñetazo Krilin gana el combate. En el segundo, Piccolo se enfrenta a uno de los dos extraños personajes, llamado Shin, pero extrañamente Piccolo se retira antes de comenzar por sentir una presencia de otra dimensión. Nadie lo comprende y Piccolo no da explicaciones. En el tercer combate Videl se enfrenta a Spopovich, y demuestra su superioridad, sin embargo, este hombre siempre se levanta, incluso después de que le rompan el cuello, se lo vuelve a colocar. Goku dice que ese hombre no emite ninguna fuerza vital, que parece estar muerto. Videl recibe una paliza que está a punto de costarle la vida, Gohan, al ver esto, se enfurece y decide ir a ayudarla. Pero Yamu, el compañero de Spopovich, le prohíbe seguir y Videl pierde el combate gravemente herida. Gohan le jura a Spopovich que se vengará. Luego entran en combate el compañero de Shin, Kibito y Gohan. Este le pide a Gohan que se transforme en Super Saiyan. Gohan lo hace, porque sabe que su rival no es un cualquiera. De esta forma es reconocido por todos sus compañeros de clase. Piccolo explica que el rival al que él se enfrentó es un Kaio-Shin (Dioses de la Creación), y Shin les dice que cuando Yamu y Spopovich ataquen a Gohan que no intervengan.

•Los dos malvados se echan encima de Gohan y le roban su energía. Luego se van y Shin les persigue. Detrás de él, salen Goku, Vegeta, Piccolo y Krilin. Kibito, el compañero de Shin, cura a Gohan de sus heridas, y junto con Videl (que también ha sido curada por las Semillas del Ermitaño) salen en busca de los demás. Shin y Kibito les explican una historia sobre un brujo llamado Bibidi que un día creó un monstruo, llamado Majin Buu, muy peligroso, y que ahora, su hijo Babidi quiere sacarle de su encierro en el que se encuentra, y necesita un montón de energía pura. Por eso Yamu y Spopovich fueron al torneo.

•Cuando llegan al lugar, ven una nave, en la que se encuentran Babidi (el brujo), Dabra (El Rey del Infierno, que ha sido poseído por Babidi), y otro soldado. Al cumplir su misión Yamu y Spopovich son asesinados por Babidi. Luego el brujo y su soldado Pui Pui entran en la nave, pero Dabra se queda y ataca a los guerreros. Así asesina a Kibito, y escupiendo a Piccolo y a Krilin los convierte en estatuas de piedra. Luego se va a la nave. Encolerizados, Vegeta, Goku y Gohan le siguen al interior de la nave, sin escuchar a Shin que les pide paciencia. Videl que se volvió a mitad de camino, regresa al estadio y explica lo sucedido a todos sus amigos. Goten y Trunks salen hacia el lugar. Shin guía a los tres héroes por el interior de la nave, y allí les recibe Pui Pui. Gohan, Goku y Vegeta se juegan a piedra, papel, tijera para decidir quien se enfrentará a él, y gana Vegeta. Pui Pui les advierte que cualquier herida que reciban será energía que recibirá Buu. Vegeta no se preocupa y empieza el combate. En cuestión de segundos, Pui Pui no puede más, así que Babidi les teletransporta al planeta de Pui Pui donde en teoría tendría ventaja, porque la fuerza de gravedad en ese planeta es 10 veces superior a la de La Tierra. Pero ellos ignoran que los héroes se han entrenado muchas veces a fuerza de gravedad muy superiores a esa. Vegeta destruye a Pui Pui sin inmutarse sorprendiendo a Shin. Luego bajan al segundo nivel de la nave, donde Yakon recibe a Goku. Babidi los lleva al planeta de Yakon, donde hay total oscuridad, pensando que si no le ven nunca le podrán vencer. Pero no saben que ellos pueden sentir la energía del enemigo y Goku no tiene problemas para pelear. Además, para hacer un poco de luz, Goku se transforma en Super Saiyan. Yakon, que se alimenta de luz, vuelve a Goku a su estado normal. Entonces Goku se transforma de nuevo en Super Saiyan pero esta vez con una intensidad mucho mayor, y Yakon revienta ante tanta energía. Luego bajan al tercer nivel. Allí les espera Dabra y son transportados a El infierno. Gohan se transforma rápidamente en Super Saiyan ya que Dabra no es un enemigo cualquiera. El combate es muy duro y ninguno de los dos toma la delantera.

•En un momento del combate Dabra se da cuenta de que Vegeta tiene un corazón oscuro, así que abandona el combate y antes de irse dice: "No hay necesidad de que yo pelee, pues hemos encontrado al guerrero perfecto" se lo cuenta a Babidi (porque tiene el poder de poseer a los que tienen mal corazón). Así Vegeta es poseído por Babidi y se encara a sus amigos. Babidi le ordena que mate a todos, pero Vegeta le no le hace caso y dice que solo le interesa Goku, en realidad Vegeta no ha sido totalmente poseído, ya que razona por él mismo. Goku le dice a Babidi que les lleve a otro lugar y son llevados al Torneo de Artes Marciales. Allí Vegeta dispara un Ataque Big Bang y mata a muchos espectadores. Goku dice a Babidi que si no les lleva a un sitio desierto, no se enfrentará a Vegeta. Así lo hace Babidi. Mientras, Shin y Gohan bajan al siguiente nivel para buscar a Dabra y Babidi. Los encuentran y también a la cápsula donde está encerrado Buu. Babidi los teletransporta a todos fuera de la nave, ya que un golpe en la estructura de la nave podría hacer que Buu saliese de la bola sin todo su poder.

•La lucha de Goku y Vegeta es en Super Saiyan 2, y las heridas son increíblemente graves, por lo que la Cápsula de Buu se llena de energía rápidamente.

•Gohan intenta destruirla antes de que el monstruo salga pero no lo consigue. La bola se abre y sólo sale un montón de humo de su interior. Todos piensan que Buu ha muerto después de tanto tiempo encerrado, pero de repente el humo se condensa y toma forma. Sin embargo Buu es un obeso que parece inofensivo.

•El único que se da cuenta de su terrible poder es Goku que para el combate con Vegeta. Vegeta acepta la tregua, pero sorprende a Goku y le da un golpe que le hace perder el conocimiento. Vegeta quiere encargarse de Buu solo, reconociendo que ha salido de su encierro por su culpa. Se toma una Semillas Senzu y se dirige al lugar.

•Por su parte, Buu no hace caso a Babidi y solo piensa en jugar. Dabra no lo aguanta y le insulta. Buu se enfurece y deja inconsciente a Dabra ante el asombro de todos. Luego le toca el turno a Gohan que es vencido sin problemas al igual que Shin. Después Dabra reaparece y atraviesa a Buu con una lanza. Buu se la saca y regenera el agujero que le ha hecho. Entonces mata a Dabra, lo convierte en galleta y se lo come. En ese momento llega Vegeta al lugar del combate y desafía a Buu. Comienza una batalla en la que Vegeta parece mucho más poderoso que el monstruo, o al menos más hábil. Pero Buu se regenera de todas las heridas que Vegeta le inflige y Vegeta se va cansando. Buu toma la iniciativa, Goten y Trunks corren a ayudar a Vegeta. Vegeta abraza a su hijo y deja inconscientes a los dos muchachos para luego pedirle a Piccolo (que al morir Dabra ya ha vuelto a su estado normal), que se los lleve del lugar. (Vegeta se sacrificaría) un gran resplandor se veía a lo lejos donde la figura de un gran guerrero había desaparecido, su nombre era Vegeta el príncipe de los saiyajins. Buu se desintegra y el cuerpo de Vegeta se seca y al hacer al suelo se rompe en mil pedazos.

•Piccolo le agradece a Vegeta su sacrificio, pero aterrorizado contempla como célula a célula Majin Buu comienza a regenerarse. Rápidamente huye de allí. Babidi, que fue cortado por la mitad por Piccolo, le pide a Buu que le cure si no quiere volver a su encierro. Buu así lo hace, y los dos salen de viaje a destruir ciudades. Por otro lado Goku, despierta y se dirige al Palacio Celestial dando una sorpresa a sus amigos. Cuando les cuenta lo ocurrido todos se sobresaltan. Goku les dice que enseñará a los niños la técnica de la Fusión para que puedan vencer a Buu. Mientras tanto, Bulma y los demás deciden reunir las Esferas del Dragón para resucitar a las víctimas desde el inicio del torneo con lo que reaparece Kibito, y guardan el segundo deseo para otra ocasión hasta que tengan más noticias sobre sus amigos. Kibito encuentra a Shin y salen en busca de Son Gohan. Cuando lo encuentran se lo llevan al Planeta Sagrado. Para buscar las Esferas del Dragon, Trunks se dirige a la Corporación Cápsula. para recoger el Radar del Dragón. Como Goku no quiere que Babidi y Buu se interpongan en el camino de Trunks, va al encuentro de los monstruos para ganar tiempo. Una vez allí Goku sorprende a todos y se transforma en Super Saiyan 3 y se muestra muy superior al monstruo. Sin embargo una vez cumplida la misión de Trunks, Goku abandona la batalla ya que el tiempo es vital para enseñarle a los niños la fusión. Cuando a Goku se le acaba el tiempo y debe volver al otro mundo le encarga a Piccolo el entrenamiento de los pequeños. Por su parte Son Gohan es llevado al Planeta Sagrado donde debe repetir la hazaña del Rey Arturo y sacar la Espada Zeta de una roca, con la cual adquirirá un poder mayor al del monstruo.

•Cuando lo consigue se sorprende al ver el peso de la espada ya que casi no la puede sostener aunque poco a poco la va controlando mejor.

•Buu asesina a Babidí y al sentirse libre se marcha a destruir más ciudades. En este momento, la humanidad le pide a Satán que desafíe al monstruo para salvarlos. El campeón no tiene más remedio que hacer lo que le piden. Sorprendentemente Satán se hace amigo del monstruo y Buu pacifica su corazón, ya no matará a más inocentes, solo lo hacía porque le enseñaron que aquello era bueno. Mientras, los niños consiguen fusionarse aunque con problemas al principio. Un día Buu vuelve a su nueva casa con un perro cachorro, pero unos malvados le disparan y Buu monta en cólera. Por suerte Satán les da una lección y Buu llega a tiempo para curar al perrito por lo que se calma. Sin embargo los malhechores atacan de nuevo pero esta vez a Satán. De nuevo Buu logra llegar a tiempo para curarle, pero esta vez su furia no se puede detener. De repente expulsa toda su ira y sale de él un nuevo Buu (Buu Malo).

•Se crea una batalla entre los dos en la que el original acaba convertido en galleta y comido por el Buu Malvado. De nuevo hay un proceso de metamorfosis y aparece Super Buu. Este nuevo Buu mata cruelmente a los malhechores que le dispararon a Satán y Bee luego se dirige hacia el campeón pero sorprendentemente no puede atacarle, así que se marcha. Goku se dirige al Planeta Sagrado y se encuentra con Son Gohan. Para probar la dureza de la espada, Shin le lanza un bloque del metal más duro que existe (Acero Kacchin), pero cuando Gohan golpea con su espada, esta se parte y de ella aparece el decano de los dioses, el Kaio-shin Anciano. Este personaje asume el entrenamiento de Gohan prometiéndole un gran poder en 25 horas. Buu se dirige al Palacio Celestial en busca de los niños. Piccolo trata de distraer a Super Buu diciéndole que vaya a destruir las ciudades, pero Super Buu asesina a toda la humanidad. Después de esto Chi-Chi toda enojada le reclama a Super Buu por sus acciones, pero este la ignora y la asesina convirtiéndola en un huevo que después aplasta. Piccolo se da cuenta de que Super Buu definitivamente quiere pelear con los niños y los manda a la Habitación del tiempo. Para que puedan entrenar un poco más, Piccolo le guía por el camino más largo.

•Una vez allí los niños se fusionan pero su fuerza parece insuficiente para ganar al monstruo, incluso cuando se convierten en Super Saiyan. Muestran una gran variedad de técnicas curiosas como los Fantasmas kamikaze, que explotan al ser tocados por el monstruo.

•Gotenks hace creer a Piccolo que todo está perdido, entonces Piccolo se asusta y destruye la puerta de salida, quedando atrapados en la dimensión. Buu se da cuenta de que allí morirá de hambre y se vuelve loco. Su gran energía abre una brecha entre las dos dimensiones y escapa de allí, pero no Piccolo y Gotenks, una vez afuera Super Buu convierte a todos los que se refugiaban en el palacio (excepto a Dende) en chocolate, empezando por Krilin, luego la Androide Número 18 y Marron, y por último al resto de los refugiados. En ese momento Gotenks se pone serio y decide sacar su verdadero potencial transformándose en Super Saiyan 3. Al fin abre una brecha y salen de allí. Una vez fuera se dan cuenta de que Buu se ha comido a sus amigos. Gotenks monta en cólera y ataca a Buu. Cuando está a punto de vencer, se acaba la fusión. Por suerte Son Gohan ha terminado su entrenamiento y se dirige al lugar. Empieza una nueva batalla, con Buu apenas logrando tocar a Gohan, así que huye asustado. Mientras los demás buscan a Dende y por el camino encuentran a Mr. Satán también. Una hora después Buu vuelve pero no desafía a Gohan sino a Gotenks. Los niños caen en la trampa y se fusionan. En ese momento Buu les absorbe a ellos y a Piccolo y se transforma en un ser de fuerza extraordinaria y de gran intelecto contra el que Gohan no puede lidiar.

•El Kaio-shin Anciano le da a Goku los Pothala que lleva puestos y le dice que si se pone uno en la oreja izquierda y Son Gohan el otro en la oreja derecha se unirán formando un nuevo ser, aunque esta fusión es para siempre. Para que Goku pueda volver a La Tierra, el anciano le cede su vida y Goku resucita. Goku se dirige a La Tierra y salva a su hijo, sin embargo al lanzarle el Pothala a Gohan, este no logra tomarlo y se pierde entre las rocas. Buu decide atacar a Goku pero antes de que llegue a tocarle la fusión de los niños se acaba y vuelve a su estado original. Goku se ríe de él, pero Buu sorprende de nuevo absorbiendo a Son Gohan. Ahora tiene mucha más fuerza y sin límite de tiempo. Cuando todo parece perdido, Enma Daioh manda a Vegeta a la Tierra y se encuentra con Goku. Sin embargo Vegeta rehúsa fusionarse con su rival. Más tarde, cuando ve la fuerza de Buu y se entera de lo que este le hizo a su familia y amigos, no tiene más remedio que aceptar. Una vez fusionados se da origen a un nuevo y poderoso guerrero llamado Vegetto y que es infinidad de veces más fuertes que Buu y le da una brutal e increíble paliza. Pero para salvar a sus amigos se dejan absorber por el monstruo, no sin antes ponerse una cubierta de protección para evitar que el monstruo se aproveche de sus fuerzas. Una vez dentro la unión termina de repente y encuentran a sus amigos y al Majin Buu Gordo que también estaba encerrado, cuando arrancan a sus hijos y a Piccolo del monstruo, Buu comienza a perder poder y descubre lo que esta pasando y en ese momento aparece dentro de él mismo poniéndolos en aprietos. Por suerte a Vegeta se le ocurre la idea de arrancar también al Buu Gordo de su capullo y todo empieza a reblandecerse ya que Buu está a punto de transformarse de nuevo. Goku y Vegeta escapan con sus amigos.

•Una vez fuera ven aterrorizados la transformación de Buu que se ha convertido en un ser mucho más musculoso y poderoso, pero ven que se va transformando una vez más, hasta tomar una forma mucho más pequeña de sí mismo, Goku y Vegeta se alegran al darse cuenta de que sus poderes disminuyeron una vez más y creen que ahora si podrán vencer a Buu, el único que se muestra horrorizado por la apariencia de Buu es Shin quien enigmáticamente dice que Buu "ha regresado" entonces ante las dudas del decano de los dioses, Shin le cuenta sobre el origen del conflicto entre Buu y los Kaioh-shin.

•Hace millones de años, existieron 5 Supremos Kaioh-Samas y todos vivían en paz, hasta que un día el mago Bibidi creó a Majin Boo quien destruyó numerosos planetas en muy poco tiempo, reconociendo el peligro que esta criatura representaba para el universo, ellos trataron de eliminarlo, los primeros en morir a manos de Majin Boo fueron los Kaioh-shin del Oeste y Norte, quienes fueron asesinados sin dificultad por el monstruo, el tercero en enfrentarlo fue el Kaioh-shin del Sur, quien se decía era él más fuerte de todos demostrándolo al tener una pelea uniforme con Buu e incluso ponerlo en aprietos a pesar de recibir heridas serias en el proceso, sin embargo fue derrotado cuando en un descuido el monstruo lo absorbió transformándose de esa forma en el Buu enormemente musculoso de hace unos momentos, el siguiente en ser atacado fue el propio Shin quien en ese entonces era el Kaio-shin del Este y el más joven de todos los Kaioh-shin, no pudo hacer nada contra Buu y estuvo a punto de morir a manos de este, cuando apareció el Sagrado Kaioh-Sama quien era el líder de todos los Kaioh-shin, este logro frenar a Buu por unos momentos, solo para ser absorbido segundos después transformando a Buu en el obeso de apariencia inofensiva que apareció en la tierra el cual era mucho más débil pero más tranquilo y fácil de manejar, al terminar el relato el decano de los dioses entiende las palabras de Shin y se da cuenta de que el que están viendo en esos momentos es al verdadero Majin Buu, Shin lo confirma y aclara que si bien esta no es la forma mas poderosa de Majin Buu es la más aterradora y peligrosa de enfrentar pues ahora Buu se ha transformado en una criatura con una maldad increíblemente superior, y ya no tiene los sentimientos que lo debilitaban ni la inteligencia de sus formas anteriores, lo que no tarda en demostrar ya que lo primero que hace es lanzar unos alaridos ensordecedores y después lanzar un ataque sobre la Tierra. Goku y Vegeta solo se salvan gracias a Shin quien les teletransporta al Planeta Sagrado para salvarlos pero solo les da tiempo para salvar a Satán, Dende y a Bee, Los niños, Gohan y Piccolo mueren y La Tierra desaparece. Buu une sus células tras la explosión y sale hacia el Planeta Sagrado en busca de Goku y Vegeta provocando una masacre por todo el universo hasta llegar al planeta del Gran Kaio, ahí es reconocido por el Kaio del Norte, Yamcha y Krilin quienes tratan de evitar que destruya el planeta sin éxito, pero cuando Buu estaba por destruir aquel mundo Goku y Vegeta para llamar su atención elevan su poder y al detectarlo Buu inmediatamente llega al Planeta Sagrado. Allí comienza una nueva batalla, la última. Goku se transforma en Super Saiyan 3 con el cual tiene ventaja. El combate parece igualado pero Goku no consigue acumular la energía necesaria para acabar con Buu, para ello necesitaría un minuto de concentración. Vegeta decide entretener al monstruo mientras tanto y golpea a Buu. Además a Goku le sucede algo extraño y en vez de aumentar su energía vuelve a su estado normal. En ese momento Satán desafía a Buu. El monstruo se dirige a atacarle pero antes de llegar se para y empieza a gritar de dolor. Todos se sorprenden y de repente Buu expulsa de su cuerpo a Buu Gordo. Buu vuelve a por Vegeta pero antes de que le remate el Buu bueno despierta y ataca al Pequeño Buu. Empiezan a luchar entre ellos. Vegeta le pide a Dende que vayan al Nuevo Planeta Namek y reúnan las Esferas del Dragón. Así lo hacen.

•En el primer deseo vuelven La Tierra a su forma original. En el segundo resucitan a todos los muertos desde el inicio del Torneo Mundial de Artes Marciales. Ahora la suerte está echada, Vegeta pide a los terrícolas a través de los Kaio que les sedan su energía para formar una Genkidama y matar al monstruo pero los terrícolas asustados no le hacen caso. Sin embargo, si escuchan a Satán, su héroe, y al fin consiguen formarla. Es entonces cuando Goku la lanza contra Buu. El monstruo sorprende de nuevo deteniéndola. Todo parece perdido, Goku no tiene fuerzas suficientes para impedir que Buu le devuelva la Genkidama. Pero entonces se acuerdan de que les queda un deseo por pedir a Polunga. Le piden que Goku recupere sus fuerzas y al fin Goku destruye al monstruo. Así acaba la pesadilla. Después de la destrucción del monstruo, todos fueron a una fiesta y celebraron.